Full Metal Alchemist conta a história dos jovens irmãos alquimistas Edward e Alphonse Elric, moradores da vila de Rizenbul.
A alquimia é uma ciência na qual se compreende a estrutura da matéria para que se possa, então, quebrá-la e reconstruí-la. No entanto, por se tratar de uma ciência, a alquimia também é regida pelas leis da natureza: cria-se algo com determinada massa apenas a partir de outro objeto com massa semelhante (princípio da troca equivalente), utilizando-se, para isto, de um círculo de transmutação. Não se pode criar algo do nada, é preciso que alguma outra coisa seja sacrificada neste processo.Além da lei da equivalência, a alquimia possui dois grandes tabus que não devem, de forma alguma, ser violados: é proibido transformar qualquer metal em ouro e, o tabu dos tabus, não se deve tentar, em hipótese alguma, a transmutação humana… em outras palavras, tentar criar um corpo humano para recuperar a alma de alguma pessoa já falecida.
E toda a saga dos jovens irmãos começa justamente por causa de um erro básico de ambos. Sem pensar nas conseqüências, Edward e Alphonse tentam realizar uma transmutação humana para trazer a mãe falecida de volta do mundo dos mortos. O experimento, uma das seqüências mais arrepiantes já vistas em um anime, se transforma em um completo fracasso e, para completar, ainda cobra um preço altíssimo dos dois irmãos. Edward perde uma perna, e Alphonse, todo o corpo. No desespero para salvar seu irmão mais novo do desaparecimento completo, Edward fixa a alma de Alphonse com seu próprio sangue em uma armadura que estava próxima. O preço a pagar? Seu próprio braço direito. Edward passa a utilizar próteses mecânicas conhecidas como “auto-mails”, ligadas diretamente ao sistema nervoso do usuário, enquanto Alphonse se tranforma em um ser humano sem corpo, uma armadura ambulante e falante mas sem nenhum conteúdo palpável.
Mesmo deprimidos com todo o ocorrido e marcados de forma indelével pelo horror da situação vivenciada, os irmãos Elric decidem que tentarão recuperar o que perderam e, para isto, saem pelo mundo em busca da lendária Pedra Filosofal.
De acordo com as histórias que correm de boca em boca, a Pedra Filosofal permitiria ao usuário a realização de qualquer tipo de transmutação sem a necessidade de respeitar o princípio da troca equivalente. Se conseguirem colocar as mãos na Pedra, objeto cuja existência é colocada em dúvida por muitos especialistas, talvez Edward e Alphonse possam recuperar, respectivamente, os membros e o corpo perdidos.
